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vantage6 documentation
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  • Overview
  • Introduction
  • Architecture
  • 1. User guide
    • 1.1. User interface
    • 1.2. Python client
    • 1.3. R client
    • 1.4. API
  • 2. Node admin guide
    • 2.1. Introduction
    • 2.2. Requirements
    • 2.3. Install
    • 2.4. Use
    • 2.5. Configure
  • 3. Server admin guide
    • 3.1. Introduction
    • 3.2. Requirements
    • 3.3. Install
    • 3.4. Deploy
    • 3.5. Install optional components
    • 3.6. Use
    • 3.7. Configure
    • 3.8. Permission management
    • 3.9. Shell
  • 4. Algorithm store admin guide
    • 4.1. Introduction
    • 4.2. Store processes
    • 4.3. Requirements
    • 4.4. Install
    • 4.5. Deploy
    • 4.6. Use
    • 4.7. Permissions
    • 4.8. Configure
  • 5. Algorithm Development
    • 5.1. Algorithm concepts
    • 5.2. Algorithm development step-by-step guide
    • 5.3. Algorithm code structure
    • 5.4. Classic Tutorial
  • 6. Feature descriptions
    • 6.1. Server features
      • 6.1.1. Two-factor authentication
      • 6.1.2. Horizontal scaling
      • 6.1.3. API response structure
    • 6.2. Node features
      • 6.2.1. Whitelisting
      • 6.2.2. SSH Tunnel
      • 6.2.3. Linked docker containers
    • 6.3. Algorithm features
      • 6.3.1. Algorithm wrappers
      • 6.3.2. Algorithm container isolation
    • 6.4. Communication between components
      • 6.4.1. SocketIO connection
      • 6.4.2. End to end encryption
      • 6.4.3. Algorithm-to-algorithm VPN comunication
  • 7. Developer community
    • 7.1. Contribute
    • 7.2. Documentation
    • 7.3. Release
  • 8. Function documentation
    • 8.1. vantage6.cli
      • 8.1.1. vantage6.cli.cli
      • 8.1.2. vantage6.cli.configuration_manager
        • vantage6.cli.configuration_manager.NodeConfiguration
        • vantage6.cli.configuration_manager.NodeConfigurationManager
        • vantage6.cli.configuration_manager.ServerConfiguration
        • vantage6.cli.configuration_manager.ServerConfigurationManager
        • vantage6.cli.configuration_manager.TestConfiguration
        • vantage6.cli.configuration_manager.TestingConfigurationManager
      • 8.1.3. vantage6.cli.configuration_wizard
        • vantage6.cli.configuration_wizard.algo_store_configuration_questionaire
        • vantage6.cli.configuration_wizard.configuration_wizard
        • vantage6.cli.configuration_wizard.node_configuration_questionaire
        • vantage6.cli.configuration_wizard.select_configuration_questionaire
        • vantage6.cli.configuration_wizard.server_configuration_questionaire
      • 8.1.4. vantage6.cli.context
        • vantage6.cli.context.get_context
        • vantage6.cli.context.select_context_class
        • vantage6.cli.context.algorithm_store
          • vantage6.cli.context.algorithm_store.AlgorithmStoreContext
        • vantage6.cli.context.base_server
          • vantage6.cli.context.base_server.BaseServerContext
        • vantage6.cli.context.node
          • vantage6.cli.context.node.NodeContext
        • vantage6.cli.context.server
          • vantage6.cli.context.server.ServerContext
      • 8.1.5. vantage6.cli.globals
        • vantage6.cli.globals.AlgoStoreGlobals
        • vantage6.cli.globals.ServerGlobals
        • vantage6.cli.globals.ServerType
      • 8.1.6. vantage6.cli.rabbitmq
        • vantage6.cli.rabbitmq.definitions
        • vantage6.cli.rabbitmq.queue_manager
          • vantage6.cli.rabbitmq.queue_manager.RabbitMQManager
      • 8.1.7. vantage6.cli.utils
        • vantage6.cli.utils.check_config_name_allowed
        • vantage6.cli.utils.check_if_docker_daemon_is_running
        • vantage6.cli.utils.prompt_config_name
        • vantage6.cli.utils.remove_file
    • 8.2. vantage6.client
      • 8.2.1. vantage6.client.Client
      • 8.2.2. vantage6.client.UserClient
      • 8.2.3. vantage6.client.exceptions
        • vantage6.client.exceptions.DeserializationException
      • 8.2.4. vantage6.client.filter
        • vantage6.client.filter.filter_dict_keys
        • vantage6.client.filter.filter_dicts_by_values
        • vantage6.client.filter.filter_dicts_from_results
        • vantage6.client.filter.filter_dicts_keys
        • vantage6.client.filter.filter_dicts_on_values
        • vantage6.client.filter.filter_keys_from_result
        • vantage6.client.filter.filter_keys_from_results
        • vantage6.client.filter.post_filtering
      • 8.2.5. vantage6.client.subclients
        • vantage6.client.subclients.store
          • vantage6.client.subclients.store.algorithm
            • vantage6.client.subclients.store.algorithm.AlgorithmSubClient
          • vantage6.client.subclients.store.algorithm_store
            • vantage6.client.subclients.store.algorithm_store.AlgorithmStoreSubClient
          • vantage6.client.subclients.store.policy
            • vantage6.client.subclients.store.policy.PolicySubClient
          • vantage6.client.subclients.store.review
            • vantage6.client.subclients.store.review.ReviewSubClient
          • vantage6.client.subclients.store.role
            • vantage6.client.subclients.store.role.StoreRoleSubClient
          • vantage6.client.subclients.store.rule
            • vantage6.client.subclients.store.rule.StoreRuleSubClient
          • vantage6.client.subclients.store.user
            • vantage6.client.subclients.store.user.StoreUserSubClient
        • vantage6.client.subclients.study
          • vantage6.client.subclients.study.StudySubClient
      • 8.2.6. vantage6.client.utils
        • vantage6.client.utils.LogLevel
    • 8.3. vantage6.algorithm.client
      • 8.3.1. vantage6.algorithm.client.AlgorithmClient
    • 8.4. vantage6.algorithm.tools
      • 8.4.1. vantage6.algorithm.tools.decorators
        • vantage6.algorithm.tools.decorators.algorithm_client
        • vantage6.algorithm.tools.decorators.data
        • vantage6.algorithm.tools.decorators.database_connection
        • vantage6.algorithm.tools.decorators.get_ohdsi_metadata
        • vantage6.algorithm.tools.decorators.metadata
        • vantage6.algorithm.tools.decorators.OHDSIMetaData
        • vantage6.algorithm.tools.decorators.RunMetaData
      • 8.4.2. vantage6.algorithm.tools.exceptions
        • vantage6.algorithm.tools.exceptions.AlgorithmError
        • vantage6.algorithm.tools.exceptions.AlgorithmExecutionError
        • vantage6.algorithm.tools.exceptions.AlgorithmInitializationError
        • vantage6.algorithm.tools.exceptions.AlgorithmModuleNotFoundError
        • vantage6.algorithm.tools.exceptions.AlgorithmRuntimeError
        • vantage6.algorithm.tools.exceptions.ClientError
        • vantage6.algorithm.tools.exceptions.CollectOrganizationError
        • vantage6.algorithm.tools.exceptions.CollectResultsError
        • vantage6.algorithm.tools.exceptions.ConvergenceError
        • vantage6.algorithm.tools.exceptions.DataError
        • vantage6.algorithm.tools.exceptions.DataReadError
        • vantage6.algorithm.tools.exceptions.DataTypeError
        • vantage6.algorithm.tools.exceptions.DeserializationError
        • vantage6.algorithm.tools.exceptions.DeserializationException
        • vantage6.algorithm.tools.exceptions.EnvironmentVariableError
        • vantage6.algorithm.tools.exceptions.EnvironmentVariableNotFoundError
        • vantage6.algorithm.tools.exceptions.InputError
        • vantage6.algorithm.tools.exceptions.MaxIterationsReached
        • vantage6.algorithm.tools.exceptions.MethodNotFoundError
        • vantage6.algorithm.tools.exceptions.NodePermissionException
        • vantage6.algorithm.tools.exceptions.PrivacyThresholdViolation
        • vantage6.algorithm.tools.exceptions.PrivacyViolation
        • vantage6.algorithm.tools.exceptions.SubtakCreationError
        • vantage6.algorithm.tools.exceptions.UserInputError
      • 8.4.3. vantage6.algorithm.tools.mock_client
        • vantage6.algorithm.tools.mock_client.MockAlgorithmClient
      • 8.4.4. vantage6.algorithm.tools.preprocessing
        • vantage6.algorithm.tools.preprocessing.preprocess_data
        • vantage6.algorithm.tools.preprocessing.functions
          • vantage6.algorithm.tools.preprocessing.functions.dummy_preprocess
          • vantage6.algorithm.tools.preprocessing.functions.filter_range
      • 8.4.5. vantage6.algorithm.tools.util
        • vantage6.algorithm.tools.util.check_envvar_value_positive
        • vantage6.algorithm.tools.util.error
        • vantage6.algorithm.tools.util.get_env_var
        • vantage6.algorithm.tools.util.info
        • vantage6.algorithm.tools.util.warn
      • 8.4.6. vantage6.algorithm.tools.wrap
        • vantage6.algorithm.tools.wrap.load_input
        • vantage6.algorithm.tools.wrap.wrap_algorithm
      • 8.4.7. vantage6.algorithm.tools.wrappers
        • vantage6.algorithm.tools.wrappers.get_column_names
        • vantage6.algorithm.tools.wrappers.load_csv_data
        • vantage6.algorithm.tools.wrappers.load_data
        • vantage6.algorithm.tools.wrappers.load_excel_data
        • vantage6.algorithm.tools.wrappers.load_parquet_data
        • vantage6.algorithm.tools.wrappers.load_sparql_data
        • vantage6.algorithm.tools.wrappers.load_sql_data
        • vantage6.algorithm.tools.wrappers.DatabaseType
    • 8.5. vantage6.node
      • 8.5.1. vantage6.node.run
      • 8.5.2. vantage6.node.Node
      • 8.5.3. vantage6.node.VPNConnectMode
      • 8.5.4. vantage6.node.cli
        • vantage6.node.cli.node
      • 8.5.5. vantage6.node.context
        • vantage6.node.context.DockerNodeContext
        • vantage6.node.context.TestContext
        • vantage6.node.context.TestingConfigurationManager
      • 8.5.6. vantage6.node.globals
      • 8.5.7. vantage6.node.proxy_server
        • vantage6.node.proxy_server.decrypt_result
        • vantage6.node.proxy_server.get_method
        • vantage6.node.proxy_server.get_response_json_and_handle_exceptions
        • vantage6.node.proxy_server.make_proxied_request
        • vantage6.node.proxy_server.make_request
        • vantage6.node.proxy_server.proxy
        • vantage6.node.proxy_server.proxy_result
        • vantage6.node.proxy_server.proxy_results
        • vantage6.node.proxy_server.proxy_task
      • 8.5.8. vantage6.node.socket
        • vantage6.node.socket.NodeTaskNamespace
      • 8.5.9. vantage6.node.util
        • vantage6.node.util.get_parent_id
        • vantage6.node.util.colorer
          • vantage6.node.util.colorer.add_coloring_to_emit_ansi
          • vantage6.node.util.colorer.add_coloring_to_emit_windows
    • 8.6. vantage6.backend.common
      • 8.6.1. vantage6.backend.common.base
        • vantage6.backend.common.base.BaseDatabase
        • vantage6.backend.common.base.BaseDatabaseSessionManager
        • vantage6.backend.common.base.BaseModelBase
      • 8.6.2. vantage6.backend.common.globals
      • 8.6.3. vantage6.backend.common.jsonable
        • vantage6.backend.common.jsonable.jsonable
      • 8.6.4. vantage6.backend.common.permission
        • vantage6.backend.common.permission.PermissionManagerBase
        • vantage6.backend.common.permission.RuleCollectionBase
        • vantage6.backend.common.permission.RuleNeed
      • 8.6.5. vantage6.backend.common.permission_models
        • vantage6.backend.common.permission_models.RoleInterface
        • vantage6.backend.common.permission_models.RuleInterface
      • 8.6.6. vantage6.backend.common.session
      • 8.6.7. vantage6.backend.common.test_context
        • vantage6.backend.common.test_context.TestContext
    • 8.7. vantage6.common
      • 8.7.1. vantage6.common.base64s_to_bytes
      • 8.7.2. vantage6.common.bytes_to_base64s
      • 8.7.3. vantage6.common.check_config_writeable
      • 8.7.4. vantage6.common.debug
      • 8.7.5. vantage6.common.echo
      • 8.7.6. vantage6.common.error
      • 8.7.7. vantage6.common.generate_apikey
      • 8.7.8. vantage6.common.get_config_path
      • 8.7.9. vantage6.common.get_database_config
      • 8.7.10. vantage6.common.info
      • 8.7.11. vantage6.common.is_ip_address
      • 8.7.12. vantage6.common.logger_name
      • 8.7.13. vantage6.common.split_rabbitmq_uri
      • 8.7.14. vantage6.common.warning
      • 8.7.15. vantage6.common.ClickLogger
      • 8.7.16. vantage6.common.Singleton
      • 8.7.17. vantage6.common.WhoAmI
      • 8.7.18. vantage6.common.colors
        • vantage6.common.colors.ColorStreamHandler
      • 8.7.19. vantage6.common.configuration_manager
        • vantage6.common.configuration_manager.Configuration
        • vantage6.common.configuration_manager.ConfigurationManager
      • 8.7.20. vantage6.common.context
        • vantage6.common.context.AppContext
      • 8.7.21. vantage6.common.docker
        • vantage6.common.docker.addons
          • vantage6.common.docker.addons.check_docker_running
          • vantage6.common.docker.addons.delete_network
          • vantage6.common.docker.addons.delete_volume_if_exists
          • vantage6.common.docker.addons.get_container
          • vantage6.common.docker.addons.get_digest
          • vantage6.common.docker.addons.get_image_name_wo_tag
          • vantage6.common.docker.addons.get_manifest
          • vantage6.common.docker.addons.get_network
          • vantage6.common.docker.addons.get_networks_of_container
          • vantage6.common.docker.addons.get_num_nonempty_networks
          • vantage6.common.docker.addons.get_server_config_name
          • vantage6.common.docker.addons.parse_image_name
          • vantage6.common.docker.addons.pull_image
          • vantage6.common.docker.addons.remove_container
          • vantage6.common.docker.addons.remove_container_if_exists
          • vantage6.common.docker.addons.running_in_docker
          • vantage6.common.docker.addons.stop_container
          • vantage6.common.docker.addons.ContainerKillListener
        • vantage6.common.docker.network_manager
          • vantage6.common.docker.network_manager.remove_subnet_mask
          • vantage6.common.docker.network_manager.NetworkManager
      • 8.7.22. vantage6.common.encryption
        • vantage6.common.encryption.CryptorBase
        • vantage6.common.encryption.DummyCryptor
        • vantage6.common.encryption.RSACryptor
      • 8.7.23. vantage6.common.enum
        • vantage6.common.enum.AlgorithmViewPolicies
        • vantage6.common.enum.StorePolicies
      • 8.7.24. vantage6.common.exceptions
        • vantage6.common.exceptions.AuthenticationException
      • 8.7.25. vantage6.common.globals
        • vantage6.common.globals.InstanceType
        • vantage6.common.globals.NodePolicy
      • 8.7.26. vantage6.common.log
        • vantage6.common.log.get_file_logger
      • 8.7.27. vantage6.common.serialization
        • vantage6.common.serialization.serialize
      • 8.7.28. vantage6.common.task_status
        • vantage6.common.task_status.has_task_failed
        • vantage6.common.task_status.has_task_finished
        • vantage6.common.task_status.TaskStatus
      • 8.7.29. vantage6.common.utest
        • vantage6.common.utest.find_test_packages
        • vantage6.common.utest.find_tests
        • vantage6.common.utest.run
        • vantage6.common.utest.run_tests
        • vantage6.common.utest.TestResult
        • vantage6.common.utest.TestRunner
  • 9. Glossary
  • Release notes
  • Partners
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6.3. Algorithm features#

The following pages each describe one feature of vantage6 algorithms.

Contents:

  • 6.3.1. Algorithm wrappers
  • 6.3.2. Algorithm container isolation
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6.3.1. Algorithm wrappers
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6.2.3. Linked docker containers
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